Кирилло - Афанасиевский мужской монастырь в Ярославле , основан после Смутного времени , в 1616 году , как память об освобождении России от полско- литовских войск. В 1612 году, Ярославль выполнял функцию столицы Русского Государства, временно заменив Москву.
Собралось народное ополчения Минина и Пожарского – 20 тысяч человек . Из Европы шла эпидемия чумы - «моровая язва» . Воины ополчения и горожане молились у чтимой иконы Спаса Нерукотворного . Чума в город не вошла. Было принято решение о постройке монастыря на месте, где располагалась часовня с иконой.
Сначала были построены деревянные церкви в честь иконы Спаса Нерукотворного и святителей Кирилла и Афанасия Александрийских. Святые прославились тем, что защищали христианство от ересей. Война с Польшей рассматривалась в России как борьба за истинную Православную веру против распространения католицизма.Царь Михаил Фёдорович , шедший на царство 1613 году и остановившийся из-за весенней распутицы в Ярославле , видя разрушения города, в 1616 году приписал Кирилло–Афанасиевскому монастырю ряд угодий, что обеспечило монастырь материально.
Особо почитался Образ Нерукотворного Спаса, который оставался в многократных пожарах невредимым. Икону находили на пепелище не тронутую пламенем, но уничтожили в советское время.
Драгоценным сокровищем обители была хранимая в серебряном ковчеге монастырской ризницы частица мощей Кирилла, архиепископа Александрийского. Среди святынь, которые хранились в храме в честь образа Спаса Нерукотворного , был переданный митрополитом Димитрием Ростовским в 1705 году , плат с частицей мощей.
В 30-х годах 20-го столетия городские власти разобрали монастырскую колокольню, кельях были устроены квартиры, в храмах администрация мебельной фабрики.
Прошли годы, и в святую обитель вновь возвращается икона Спасителя — чудотворный список с древней святыни. 29 января 2011 г в Кирилло-Афанасьевском монастыре состоялась торжественная встреча иконы Нерукотворного Спаса (список с древнего чудотворного образа), возвращенной из Троицкого храма поселка Смоленское.
28 января 2012 года, накануне Престольного праздника святителей Афанасия и Кирилла, архиепископов Александрийских, была принесена частица святых мощей святителя Афанасия, одного из покровителей святой обители